Pierre-Guillaume Gourio-Jewell

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" Extraordinary Science in an Extraordinary Location "

2014 : Le lab s'installe à l'Université de Technologie de Graz

 

Le Sun center of Excellence For Visual Genomics est le Centre de recherche en bioinformatique dude la Faculté de Médecine de Calgary. La Bioinformatique recouvre l’étude des données génomiques et post-génomiques au moyen de calculs, visualisation et modélisation.

 

Visual Genomics fait partie du programme de Recherche de Genome Canada qui se consacre à l'élaboration et à la mise en œuvre d'une stratégie nationale de recherche en génomique et en protéomique.

 

" Génome Canada investit et gère des projets de recherche à grande échelle dans des domaines clés comme l'agriculture, l'environnement, les pêches, la foresterie, la santé et le développement de nouvelles technologies. Il soutient également des projets de recherche visant l'étude et l'analyse des enjeux éthiques, environnementaux, économiques, de droit et de société liés à la génomique (GE3DS). De plus, il participe, entre autres, au projet de carte haplotype à l’instar de plusieurs pays, et dont l'objectif est de développer une carte haplotype du génome humain - "HapMap" - qui décrira les variations courantes dans la séquence de l'ADN humain. Selon Génome Canada, on prévoit que HapMap deviendra une ressource clé pour les scientifiques à la recherche des gènes associés à la santé, à la maladie et à la réponse aux médicaments et à l'environnement. L'information générée par le projet est dans le domaine public."

 

DrChristoph Sensen, professeur de Biochimie et Biologie Moléculaire à l’Université de Calgary est directeur du Sun Center of Excellence for Visual Genomics.

 

Le laboratoire de Visual Genomics est l’un des plus avancés au monde en matière de modélisation du Génome Humain. C’est là que sont développées des modélisations de segments d’ADN au moyen de la CAVE Java 3DTM - acronyme récursif pour Cave Automatic Virtual Environment, système de projection d’images graphiques dans une réalité virtuelle 3D : organes, cellules, génomes, organismes,….

 

[La CAVE® a été développée par Electronic Visualization Laboratory à l’Université de Chicago en tant qu’outil de visualisation scientifique. Cette technologie s’est imposée mondialement et est devenue le pinacle des systèmes à immersion dans la réalité virtuelle. Elle est commercialisée dans les Universités et l’Industrie et comporte une centaine d’installations dans le Monde]

 

L'équipe Visual Genomics est la première à avoir appliqué cet outil 3D à la recherche biologique et elle travaille à élargir ses capacités pour permettre à la CAVE d'importer des données volumétriques en incluant des images telles que des IRM (image résonance magnétique) ou des scanners.

 

Le projet : "D'ores et déjà, l'équipe travaille sur un projet de modélisation quadridimensionnelle - trois dimensions spatiales, la quatrième dimension étant le temps. Avec son équipe, Christoph Sensen s’emploie à trouver les moyens de visualiser les masses prodigieuses de données créées par les technologies de la génomique, et de modéliser les modèles des maladies génétiques par la création de modèles virtuels entièrement intégrés de tous les aspects de la maladie.

Ce projet permettra aux chercheurs de «plonger» directement dans un organisme, de «voir» le fonctionnement intrinsèque de son génome et d’étudier la façon dont les changements génétiques influencent l’organisme au fil du temps. De plus, ils pourront naviguer dans les données environnantes dans un paysage virtuel et interagir avec les données de manière conviviale.
Les modèles virtuels de tous les aspects de la maladie comprendront les renseignements médicaux, des données d’imagerie de pointe, des résultats de tests comme des biopsies et des données sur l’expression des gènes, et finalement de l’information sur la structure, la fonction et les interactions des protéines.

Le laboratoire possède une puissance computationnelle exceptionnelle qui devrait lui permettre de réaliser avec succès ce nouveau projet quadridimensionnel. L’équipe prévoit ainsi de faire progresser la recherche en génomique, tout en mettant sur pied une société qui commercialisera les services quadridimensionnels dans l’industrie pharmaceutique internationale".
 

Ces technologies prometteuses sont en plein essor dans la recherche et l’industrie. Elles sont l’aube d’une nouvelle génération et feront appel à l’excellence en matière de mathématiques et informatique appliquées à la Science.

 

Si l'aspect ludique que l’on peut trouver à travailler dans un tel environnement vous a échappé, alors entrez maintenant dans la CAVE® ... c'est Sensentionnel !

 

Pierre-Guillaume Gourio-Jewell

http://www.visualgenomics.ca/~pjewell

2005 Summer student and "happy fellow slave" at Visual Genomics,

University of Calgary, Alberta Canada

Sources : Visual Genomics, Genome Canada, HapMap

 

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